Pleistocenska epoha bila je i vrijeme megafaune ili divovskih životinja. Najveći od ovih životinja bio je mastodon, masivni rođak modernog slona koji je mogao doseći visine do 13 stopa i težiti do 8 tona. Druga megafauna koja je u to vrijeme živjela u Kentuckyju uključivala je mamuta, divovskog bizona, kratkih medvjeda i strašnog vuka.
S zagrijavajućom klimom na kraju pleistocenske epohe, ove su životinje postupno izumrle. Posljednji mastodoni nestali su iz Sjeverne Amerike prije otprilike 11.000 godina, dok su posljednji mamuti umrli prije otprilike 10 000 godina.
Danas je Kentucky dom širokog broja biljaka i životinja koje su više prilagođene trenutnoj klimu države. U šumama dominiraju stabla hrasta, javora i hikorija, dok su travnjaci dom raznih trava, cvjetova i grmlja. Tunda je nestala iz Kentuckyja, ali država je još uvijek dom raznih životinja koje se nalaze u hladnijim klimama, poput zeca snijega, crvene lisice i jelena s bijelim repom.