Druga teorija je da su mastodoni izumrli zbog klimatskih promjena. Klima Sjeverne Amerike nekoliko se puta promijenila tijekom pleistocenske epohe, a mastodoni se možda nisu mogli prilagoditi promjenjivim uvjetima. Klima je postala toplija i suha, a šume u kojima su živjeli mastodoni počele su nestajati. To je možda otežalo mastodone da pronađu hranu i sklonište.
Također je moguće da je kombinacija faktora, poput lova od ljudi i klimatskih promjena, dovela do izumiranja mastodona. Mastodoni su bili velike, sporo kretanje životinja i možda su bili lagani plijen za ljude. Promjena klime možda je još otežala preživljavanje mastodona. Bez obzira na uzrok, mastodoni su izumrli prije otprilike 10 000 godina.