Znanstveni naziv za kljunara je Ornithorhynchus anatinus. Ime roda, Ornithorhynchus, potječe od grčkih riječi ὀρνις (ornis), što znači "ptica", i ῥύγχος (rhynchos), što znači "kljun", u odnosu na jedinstveni pačji kljun kljunara. Ime vrste, anatinus, potječe od latinske riječi anas, što znači "patka", što se opet odnosi na sličnost kljunara s patkom.
Stoga je kljunar klasificiran kao član obitelji Ornithorhynchidae na temelju svog znanstvenog naziva. Porodica Ornithorhynchidae također se smatra jedinom postojećom porodicom u redu sisavaca Monotremata, što čini kljunara monotremnog pored dugokljune jehidne (Zaglossus) i kratkokljune jehidne (Tachyglossus).