1. Gubitak energije: Kako se energija prenosi hranidbenim lancem, dio nje se gubi kao toplina. To znači da je manje energije dostupno za organizme na višim trofičkim razinama. Kao rezultat toga, postoji manje organizama na svakoj uzastopnoj trofičkoj razini, a hranidbeni lanac postaje kraći.
2. Natjecanje: Organizmi na svakoj trofičkoj razini međusobno se natječu za resurse kao što su hrana i prostor. Ovo natjecanje može ograničiti broj organizama koji mogu preživjeti na svakoj trofičkoj razini, a također može dovesti do izumiranja nekih vrsta.
3. Predatorstvo: Organizmi na višim trofičkim razinama često su plijen organizama na nižim trofičkim razinama. To može ograničiti broj organizama koji mogu doseći više trofičke razine, a može dovesti i do izumiranja nekih vrsta.
4. Čimbenici okoline: Čimbenici okoliša kao što su klimatske promjene, zagađenje i uništavanje staništa mogu utjecati na duljinu prehrambenih lanaca. Ti čimbenici mogu poremetiti protok energije i hranjivih tvari kroz prehrambene lance, te mogu dovesti do izumiranja nekih vrsta.
Kao rezultat ovih čimbenika, prehrambeni lanci su obično kratki, sa samo nekoliko trofičkih razina. To znači da postoji relativno malo organizama na vrhu hranidbenog lanca i da su ti organizmi često osjetljivi na izumiranje.