Gubitak i fragmentacija staništa :Prirodno stanište kornjača se sve više uništava ili fragmentira ljudskim aktivnostima, kao što su poljoprivreda, urbanizacija i rudarstvo. To smanjuje dostupnost hrane i mjesta za gniježđenje te povećava njihovu ranjivost na predatore i bolesti.
Klimatske promjene :Klima se brzo zagrijava u regiji gdje živi afganistanska kornjača. To uzrokuje promjene u staništu kornjača, što im otežava preživljavanje i razmnožavanje.
Bolest :Kornjače su također osjetljive na razne bolesti, uključujući respiratorne infekcije, trulež oklopa i infekcije oka. Ove se bolesti mogu prenijeti kontaktom s drugim zaraženim životinjama ili preko kontaminirane hrane ili vode.
Zbirka :Kornjače se sakupljaju za trgovinu, hranu, kućne ljubimce i druge svrhe, što je dovelo do smanjenja njihove populacije.