1. Gubitak staništa: Prirodno stanište Humboldtovog pingvina ugroženo je ljudskim aktivnostima poput širenja gradova, razvoja obale i turizma. Prenamjena obalnih područja za ljudska naselja, industriju i poljoprivredu smanjuje njihova područja za razmnožavanje i ishranu, što dovodi do fragmentacije i gubitka staništa.
2. Prekomjerni ribolov: Humboldtovi pingvini se oslanjaju na ribu za prehranu, a prekomjerni ribolov komercijalnim ribolovom predstavlja značajnu prijetnju. Smanjenje ribljeg fonda smanjuje njihove izvore hrane, što dovodi do natjecanja s drugim morskim grabežljivcima i utječe na njihov reproduktivni uspjeh i stope preživljavanja.
3. Klimatske promjene: Stanište Humboldtovog pingvina osjetljivo je na utjecaje klimatskih promjena, uključujući podizanje razine mora i promjene oceanskih struja. Te promjene narušavaju njihov ekosustav i utječu na dostupnost njihovih vrsta plijena. Osim toga, ekstremni vremenski događaji, poput oluja i toplinskih valova, mogu izravno naštetiti jedinkama ili uništiti njihova mjesta za gniježđenje.
4. Predatorstvo: Humboldtovi pingvini suočavaju se s predatorstvom domaćih i invazivnih vrsta. Prirodni grabežljivci uključuju morske lavove i tuljane, dok uvedeni grabežljivci poput divljih mačaka, pasa i štakora mogu grabežljivac hraniti njihovim jajima, pilićima i odraslim jedinkama.
5. Bolesti i paraziti: Humboldtov pingvin može oboljeti od raznih bolesti, uključujući ptičju gripu i parazite poput ušiju i buha. U prenapučenim kolonijama, bolesti se mogu brzo širiti, uzrokujući visoke stope smrtnosti, posebno među osjetljivim pilićima i mladima.
6. Zagađenje: Onečišćenje industrijskim otpadom, izlijevanjem nafte i plastikom predstavlja značajnu prijetnju staništu Humboldtovog pingvina i izvorima hrane. Kemikalije i zagađivači mogu kontaminirati njihov okoliš i akumulirati se u njihovim tijelima, utječući na njihovo zdravlje i reproduktivne sposobnosti.
U tijeku su napori za očuvanje kako bi se zaštitili Humboldtovi pingvini i njihova staništa, uključujući uspostavu zaštićenih morskih područja, propise o ribolovnim praksama, kontrolu predatora, obnovu staništa i kampanje podizanja svijesti javnosti. Suradnja između organizacija za očuvanje, vlada i lokalnih zajednica ključna je kako bi se osigurao dugoročni opstanak ovih kultnih ptica.