Gubitak staništa je još jedna velika prijetnja morskim kravama. Manatini se za preživljavanje oslanjaju na plitke, tople vode, a njihovo stanište uništavaju ljudske aktivnosti poput razvoja obale, zagađenja i klimatskih promjena. Kako njihovo stanište nestaje, morske krave imaju sve manje mjesta za život i prehranu, što može dovesti do smanjenja populacije i konačnog izumiranja.
Lov i krivolov također predstavljaju značajnu prijetnju morskim kravama. Manati se love zbog mesa, kože i ulja, a često se ubijaju kao usputni ulov u ribolovnoj opremi. U nekim područjima morske krave također namjerno ubijaju ljudi koji ih smatraju štetočinama. Lov i krivolov mogu smanjiti populaciju morskih krava i pridonijeti izumiranju vrste.
Klimatske promjene je sve veća prijetnja morskim kravama. Kako se klima na Zemlji mijenja, razine mora rastu i temperature vode. To može poremetiti obrasce hranjenja i uzgoja morskih krava i učiniti ih osjetljivijima na bolesti. Klimatske promjene također mogu dovesti do promjena u obalnim staništima, što može dodatno ugroziti populacije morskih krava.
Rješavanjem ovih prijetnji možemo pomoći u zaštiti morskih krava i spriječiti njihovo izumiranje.