Šišmiši imaju visoku brzinu metabolizma i zahtijevaju puno kisika da bi napajali svoj let. Oni diše brže od ostalih sisavaca, a pluća su im veća proporcionalna njihovoj veličini tijela. Šišmiši također imaju posebnu adaptaciju nazvanu "nosni ventil", što im pomaže da reguliraju protok zraka tijekom leta.
Kad šišmiš udiše, zrak ulazi kroz nosnice i prolazi kroz nosni ventil. Nazalni ventil pomaže u kontroli količine zraka koji ulazi u pluća, a također sprječava da zrak izlazi iz nosa tijekom leta.
Zrak zatim putuje niz dušnik i u pluća. Pluća su obložena alveoli, koji su sitni zrak u kojima se odvija izmjena plina. Kisik iz zraka difuzira u krvotok, a ugljični dioksid difuzira iz krvotoka u zrak.
Zrak zatim izlazi iz pluća i prolazi kroz traheju i iz nosnica.
Šišmiši su u stanju disati dok lete zahvaljujući svojim moćnim plućima i učinkovitom respiratornom sustavu. Oni su u stanju održavati visoku brzinu potrošnje kisika čak i tijekom dugih i napornih letova.