Službeni uzrok smrti bila je upala pluća , što je vjerojatno dovela kombinacija faktora:
* Kompromitirani imunološki sustav: Keiko je imao povijest zdravstvenih problema, uključujući parazite i bakterijske infekcije, vjerojatno zbog godina u zatočeništvu i stresa života u kontroliranom okruženju.
* Izloženost hladnoj vodi: Dok je u kasnijim godinama živio u prirodnom zaljevu na Islandu, Keiko je i dalje doživio temperaturu hladne vode, što je moglo oslabiti njegov imunološki sustav.
* Osnovni uvjeti: Iako je pneumonija bila neposredni uzrok smrti, temeljna zdravstvena pitanja možda su pridonijela njegovom oslabljenom stanju i ranjivosti.
Važno je napomenuti da je Keikova smrt izazvala raspravu o etici zadržavanja orke u zatočeništvu. Dok je njegova priča donosila svijest o nevolji zarobljenih orca, odluka da ga vrati u divljinu bila je složena i na kraju neuspješna.