Megalodon nije "formiran" u smislu da je umjetno stvoren. Bila je to prirodno razvijena vrsta morskog psa koja se razvila i napredovala u svoje vrijeme. Kao i kod svih ostalih vrsta, postojanje i karakteristike Megalodona oblikovane su kroz procese prirodne selekcije i prilagodbe okolini tijekom milijuna godina.
Megalodon je evoluirao od manjih predaka unutar roda Otodus. S vremenom su određene vrste unutar ove loze doživjele korisne genetske mutacije koje su im omogućile da narastu i razviju jače čeljusti i zube, što je rezultiralo pojavom Megalodona. Dostupnost obilja plijena i okolišni uvjeti tijekom miocenske i pliocenske epohe također su pridonijeli uspjehu i dominaciji Megalodona u njegovom ekosustavu.