Općenito, ribe mogu tolerirati niske koncentracije octene kiseline za kratko vrijeme. Međutim, produljena izloženost ili izloženost višim koncentracijama mogu uzrokovati značajnu štetu. Toksičnost octene kiseline za ribu također varira ovisno o vrsti. Neke su ribe osjetljivije na zakiseljavanje od drugih.
Octena kiselina također može utjecati na kvalitetu vode u spremnika za ribu ili ribnjaka, posebno ako se doda u velikim količinama. Može sniziti pH vode, što ga čini kiselijim. To može biti štetno za ribu i druge vodene organizama, jer su prilagođeni određenom rasponu pH.
Stoga je neophodno biti oprezan kada koristite octenu kiselinu u akvarijama ili ribnjacima. Treba ga koristiti samo u malim količinama i u posebne svrhe, poput dezinfekcije akvarijske opreme ili liječenja određenih bolesti. Prekomjerna ili nepravilna upotreba octene kiseline može dovesti do štetnih učinaka na ribu i drugi vodeni život.