Genetska raznolikost: Kloniranje proizvodi genetski identične jedinke. Nedostatak genetske raznolikosti može učiniti populaciju osjetljivijom na bolesti, promjene okoliša i druge prijetnje.
Utjecaji na ponašanje i ekologiju: Kloniranim životinjama možda nedostaju prirodno ponašanje, društvene strukture i ekološke interakcije razvijene kroz generacije evolucije. To može poremetiti dinamiku ekosustava.
Konkurencija i korištenje resursa: Uvođenje kloniranih jedinki može povećati konkurenciju za resurse poput hrane, staništa i partnera, što utječe na druge vrste.
Prijenos bolesti: Klonirane životinje mogu prenositi bolesti ili genetske defekte koji bi se mogli proširiti na divlje populacije.
Prikladnost staništa: Klonirane životinje možda nisu dobro prilagođene posebnim uvjetima svojih prirodnih staništa, što dovodi do niske stope preživljavanja.
Funkcija ekosustava: Nepostojanje ekoloških doprinosa kloniranih životinja, poput oprašivanja, širenja sjemena ili grabežljivaca, može promijeniti funkcioniranje ekosustava.
Nedostatak prirodne selekcije: Kloniranjem se zaobilazi prirodna selekcija, koja eliminira manje prilagođene jedinke. To može rezultirati populacijom koja nije dobro prilagođena okolišu.
Nepredvidivi dugoročni učinci: Dugoročne ekološke posljedice kloniranja i uvođenja genetski identičnih životinja u ekosustav nisu u potpunosti shvaćene.
Stoga, dok se kloniranje ugroženih vrsta može činiti kao obećavajući alat za očuvanje, treba mu pristupiti s oprezom i potrebno je temeljito istraživanje kako bi se procijenili potencijalni rizici i utjecaji na ekosustave.