1. Slatkovodni okoliši:Mnoge protozoe uspijevaju u slatkovodnim staništima kao što su jezera, bare, rijeke i potoci. Primjeri slatkovodnih protozoa uključuju amebe, paramecije i euglene.
2. Morski okoliš:Protozoe su obilne u morskim ekosustavima, nastanjuju vodeni stup, sedimente morskog dna, pa čak i površine morskih organizama. Morske protozoe uključuju dijatomeje, dinoflagelate i foraminifere.
3. Tlo:neke protozoe nalaze se u tlu, gdje pridonose kruženju hranjivih tvari i razgradnji organske tvari. Primjeri protozoa u tlu uključuju amebe, bičaše i trepljače.
4. Simbiotski odnosi:Mnoge protozoe tvore simbiotske odnose s drugim organizmima. Na primjer, neke protozoe žive u probavnom sustavu životinja, pomažući u probavi hrane i apsorpciji hranjivih tvari. Primjeri uključuju trichonympha kod termita i Paramecium bursaria kod pljosnatih crva.
5. Parazitske protozoe:neke protozoe su paraziti koji mogu uzrokovati bolesti kod životinja i ljudi. Ove parazitske protozoe mogu boraviti u krvi, probavnom traktu ili drugim tkivima svojih domaćina. Primjeri uključuju Plasmodium, koji uzrokuje malariju, i Trypanosoma, koji uzrokuje afričku bolest spavanja.
Općenito, protozoe se mogu naći u različitim okolišima, od slatkovodnih i morskih ekosustava do tla i simbiotskih veza s drugim organizmima.