- Kraljevski pingvini :Otok MacQuarie dom je najveće populacije kraljevskih pingvina na svijetu, s više od milijun parova koji se razmnožavaju. Ovi se pingvini mogu vidjeti na brojnim plažama i stjenovitim obalama otoka.
- Kraljevski pingvini :Kraljevski pingvini također se nalaze na otoku MacQuarie, ali u mnogo manjem broju od kraljevskih pingvina. Mogu se naći u kolonijama na sjevernom kraju otoka.
-Gentoo pingvini :Gentoo pingvini su najmanji od tri vrste pingvina pronađenih na otoku MacQuarie. Može ih se vidjeti na otočnim plažama i stjenovitim obalama, ali su rjeđi od kraljevskih i kraljevskih pingvina.
-Carski pingvini :Iako se carski pingvini uglavnom nalaze na Antarktici, mala se populacija razmnožava na otoku Macquarie. Najveće su vrste pingvina, a tijekom zimskih mjeseci mogu se vidjeti na otočkim santama leda.
Osim autohtonih vrsta, na otoku MacQuarie postoji i nekoliko unesenih vrsta, kao što su:
-Zečevi :Kuniće su na otok u 18. stoljeću unijeli lovci na tuljane i kitolovce. Od tada su postali štetočina jer se natječu s domaćim divljim životinjama za hranu i stanište.
-Mačke :Mačke su na otok doveli i lovci na tuljane i kitolovce. Postali su i štetočina jer love domaće divlje životinje.
-Miševi :Miševi su na otok dospjeli slučajno na brodovima. Od tada su postali štetočina jer se natječu s domaćim divljim životinjama za hranu i stanište.
-Štakori :Štakori su na otok dospjeli slučajno na brodovima. Od tada su postali štetočina jer se natječu s domaćim divljim životinjama za hranu i stanište.
Unesene vrste na otok MacQuarie predstavljaju značajnu prijetnju autohtonoj divljini otoka. Vlada radi na kontroli ove populacije i zaštiti jedinstvenog ekosustava otoka.