- colugo :Poznati i kao leteći lemuri, ti sisavci klizi kroz zrak pomoću patagijuma, membrane koja se proteže između njihovih udova. Filipinski orlovi ciljaju Colugosa kao glavni dio njihove prehrane.
- divovska leteća vjeverica :Ove velike vjeverice su arborealne, žive u drveću. Oni služe kao još jedan izvor hrane za filipinske orlove.
- Filipinska makaka :Ova vrsta majmuna porijeklom je s Filipina i provodi veći dio svog vremena na drveću, čineći ih ranjivim na predatora od strane filipinskih orlova.
- Ostali sisavci :Filipinski orlovi također mogu povremeno loviti štakore, šišmiše i druge male sisavce koji naseljavaju šume.
Vrijedno je napomenuti da su filipinski orlovi vrhovni grabežljivci, što znači da su na vrhu prehrambenog lanca i da nemaju prirodne grabežljivce. Njihova lovačka hrabrost i moćni taloni omogućuju im da učinkovito uhvate i ubijaju svoj plijen, što ih čini jednom od najsjajnijih ptica grabljivih ptica na svijetu.