- Klimatske promjene :Klima tijekom miocenskih i pliocenskih epoha, kad su megaladoni uspjeli, bila je mnogo toplija nego danas. Kako se klima ohladila tijekom pliocenskih i pleistocenskih epoha, oceani su postali hladniji, a preferirani megalodonski plijen, poput kitova i tuljana, premjestio se u toplije vode. To je možda uzrokovalo da megalodon izgubi izvor hrane i na kraju postane izumrla.
- konkurencija :Megalodon je bio najveći morski pas koji je ikada živio, ali to nije bio jedini divovski morski pas u oceanu tijekom miocenskih i pliocenskih epoha. Ostali veliki morski psi, poput Velikog bijelog morskog psa i tigra morskih pasa, možda su se natjecali s Megalodonom za hranu i resurse i možda su pridonijeli njegovom izumiranju.
- Ljudski lov :Neki znanstvenici vjeruju da su ljudi možda pridonijeli izumiranju megalodona. Ljudi su počeli loviti kitove i druge velike morske sisavce tijekom pleistocenske epohe, a to je možda smanjilo Megalodonovu opskrbu hranom. Uz to, ljudi su možda izravno lovili megaladone zbog hrane ili zato što su bili viđeni kao prijetnja.
- Kombinacija faktora :Vjerojatno je da je kombinacija faktora, poput klimatskih promjena, konkurencije i lova na ljude, pridonijela izumiranju megalodona.
Megaladoni su izumrli prije oko 2,6 milijuna godina.