biljna materija:
* Sjemenke: To su glavni izvor hrane, posebno trave, pustinjske cvijeće i kaktusi.
* voće: Pojest će zrelo voće kad su dostupni.
* lišće: Oni će grickati lišće, posebno u vrijeme oskudice.
* Korijeni i gomolji: Kopaju za ove podzemne izvore vlage i prehrane.
Životinjska materija:
* Insekti: Poznato je da love insekte, posebno bube, skakače i mravi.
* Mali beskralješnjaci: Oni će konzumirati pauke, škorpioni i druge male beskralješnjake.
* ptičja jaja: Oni će plijeniti ptičja jaja ako se ukaže prilika.
* Carrion: Oni mogu pročitati mrtve životinje za izdržavanje.
Ostali izvori hrane:
* Gljivice: Neki će pustinjski miševi jesti gljive i druge gljive.
* Nacraps ljudske hrane: Oni se mogu upustiti u blizini ljudskih naselja za odbačenu hranu.
Specifična prehrana pustinjskog miša može uvelike varirati ovisno o njegovoj lokaciji, doba godine i dostupnosti izvora hrane.