Carski pingvini grade svoja gnijezda u obliku "gnijezda", što su tijesno zbijene skupine jedinki koje se skupljaju radi topline i zaštite od ekstremnog antarktičkog vremena. Ova gomilanja mogu varirati u veličini od nekoliko desetaka do nekoliko tisuća pingvina.
Unutar gomila, carski pingvini stvaraju pojedinačna gnijezda koristeći snijeg i led. Sastružu plitko udubljenje u snijegu i oblože ga perjem, tvoreći grubo, ali učinkovito gnijezdo za držanje jaja. Gnijezda su obično 10 do 12 inča u promjeru i samo nekoliko inča duboka.
Važno je napomenuti da su carski pingvini jedina vrsta pingvina koja polaže jaja tijekom zime. Većina drugih vrsta pingvina razmnožava se tijekom toplijih ljetnih mjeseci.