1. Gubitak staništa: Tonganski gušter prvenstveno naseljava prirodne šumske ekosustave unutar 'Eua i Tongatapu. Nažalost, ova šumska staništa su opsežno iskrčena za poljoprivredu, sječu i ljudska naselja. Gubitak prikladnih staništa značajno je smanjio raspon guštera i veličinu populacije.
2. Predacija invazivnih vrsta: Invazivne vrste, poput divljih mačaka, štakora i mungosa, uvedene su na otoke Tonga i predstavljaju ozbiljnu prijetnju tonganskom gušteru. Ovi invazivni predatori imaju visoku stopu reprodukcije i vrlo su učinkoviti u lovu i konzumiranju guštera, što dovodi do smanjenja populacije.
3. Klimatske promjene: Tonga je, kao i drugi pacifički otoci, vrlo osjetljiva na klimatske promjene i porast razine mora. Promjene u obrascima temperature i padalina utječu na stanište i izvore hrane guštera. Porast razine mora također može poplaviti nisko ležeća obalna staništa, dodatno smanjujući raspoloživi raspon guštera.
4. Ograničeni domet: Tonganski gušter geografski je ograničen na dva mala otoka u Tongi, što ga čini ranjivim na genetske probleme kao što su inbreeding i nedostatak genetske raznolikosti. Uska distribucija također povećava osjetljivost na lokalizirane prijetnje, poput gubitka staništa ili jednog katastrofalnog događaja koji bi mogao uništiti veliki dio populacije.
5. Lov i iskorištavanje: Lokalno stanovništvo lovilo je tonganskog guštera za hranu i tradicionalnu medicinu, što je pridonijelo padu populacije. U nekim slučajevima, gušter je također bio uhvaćen za trgovinu kućnim ljubimcima, što je dodatno smanjilo njegov broj.
Kombinacija gubitka staništa, invazivnih vrsta, klimatskih promjena, ograničenog raspona i lova dovela je do ozbiljnog pada populacije tonganskog guštera. Napori za očuvanje, kao što su obnova staništa, kontrola predatora, javna svijest i programi uzgoja u zatočeništvu, ključni su za očuvanje preostalih populacija ove kritično ugrožene vrste.