Međutim, postoje dvije podvrste:
* Hippopotamus Amphibius Amphibius: Ovo je podvrsta nominiranja i nalazi se u većini raspona hippoa u subsaharskoj Africi.
* hippopotamus amphibius kiboko: Ova podvrsta nalazi se na zapadu raspona vrsta, prvenstveno u zapadnoj Africi.
Važno je napomenuti da su ove dvije podvrste vrlo slične, a razlike među njima suptilne. Neki tvrde da oni uopće nisu posebne podvrste, već populacije unutar jedne vrste.
Tu je i pigmy hipopotamus (Choeropsis liberiensis) , koja je zasebna vrsta u potpunosti i mnogo manja od uobičajenog hipopotamusa. Nalaze se u šumama Liberije i Sierra Leone.
Dakle, iako postoje različite populacije i podvrsta hipposa, postoji samo jedna istinska vrsta hipopotamusa: hippopotamus amfibij.