Jedan značajan faktor je protok vode ili struja. Rijeke karakteriziraju tekuća voda, dok oceani uglavnom pokazuju relativno stabilne i sporije vodene mase. Ova razlika u kretanju vode stvara različita staništa za vodene životinje. Životinje prilagođene tekućoj vodi, poput ribe s pojednostavljenim tijelima i jakim perajama, uspijevaju u rijekama. Oni su sposobni plivati protiv struje i održavati svoj položaj. Suprotno tome, mnoge životinje oceana, poput meduza i velike pelagične ribe, više su prikladnije za okruženje otvorenog oceana, gdje se mogu slobodno kretati bez trošenja toliko energije za održavanje svog položaja.
Druga važna razlika između rijeka i oceana je dostupnost sunčeve svjetlosti i otopljenih hranjivih sastojaka. Rijeke često primaju znatnu količinu sunčeve svjetlosti i hranjive tvari iz okolnog krajolika, što stimulira primarnu proizvodnju algama i drugim vodenim biljkama. Ovo obilje biljnog života pruža bogat izvor hrane za razne organizme, uključujući vodene insekte, ribu i ptice. Suprotno tome, duboke regije oceana mogu primati ograničenu sunčevu svjetlost i imati niže razine otopljenih hranjivih sastojaka. Kao rezultat toga, primarna proizvodnja je niža u otvorenom oceanu, a web stranice za hranu se više oslanjaju na predatora i čišćenje.
Nadalje, fizičke karakteristike rijeka, poput dubine, širine i sastava supstrata, utječu na vrste životinja koje ih mogu naseliti. Rijeke obično pokazuju uže i pliće vodene stupce u usporedbi s oceanima. Ova ograničena dubina utječe na raspodjelu vodenih vrsta, pri čemu neke preferiraju plitke ili dublje regije, ovisno o njihovim specifičnim zahtjevima. Supstrat ili donji materijal rijeka, koji mogu uključivati stijene, pijesak, šljunak ili blato, pruža stanište i sklonište za razne bentoske organizama poput crva, dagnji i insekata. Suprotno tome, oceani imaju različite vrste supstrata, u rasponu od koralnih grebena do mekog sedimenata, od kojih svaka podržava jedinstvene zajednice morskog života.
Ukratko, varijacija protoka vode, dostupnost sunčeve svjetlosti, otopljene hranjive tvari i fizičke karakteristike između rijeka i oceana pokreću raznolikost u životu životinje koji se nalaze u svakom ekosustavu. Rijeke sadrže specijalizirane prilagodbe tekućoj vodi i fluktuacije u razini hranjivih tvari, dok oceani podržavaju različite zajednice prilagođene stabilnim vodenim uvjetima, različitim dubinama i staništima otvorenih voda.