2. Promjena i gubitak staništa: Estuariji služe kao vitalna staništa za različite morske i kopnene vrste tijekom različitih životnih faza. Ljudske aktivnosti poput melioracije zemljišta, jaružanja, izgradnje luka i marina te urbanog razvoja uzrokovale su opsežne promjene i gubitak staništa. Osim toga, promjene u dotoku slatke vode zbog brana i preusmjeravanja vode mogu značajno utjecati na ekološku ravnotežu estuarija.
3. Prekomjerni izlov i iskorištavanje: Estuariji podržavaju obilne riblje populacije zbog svojih bogatih izvora hrane i služe kao ključna mjesta za razmnožavanje mnogih vrsta. Neodrživi ribolovni postupci i prekomjerno iskorištavanje doveli su do iscrpljivanja ribljeg fonda, ugrožavajući ekološku ravnotežu i gospodarsku vrijednost ovih područja.
4. Ekstrakcija prirodnih resursa: Estuariji često sadrže vrijedne prirodne resurse poput pijeska, šljunka i nafte. Ekstrakcija ovih resursa može izravno poremetiti fizičku strukturu estuarija, promijeniti obrasce protoka vode i dovesti do degradacije staništa.
5. Utjecaji klimatskih promjena: Estuariji su vrlo osjetljivi na utjecaje klimatskih promjena, uključujući podizanje razine mora, zakiseljavanje oceana, promjene u gradijentima saliniteta i promijenjene obrasce padalina. Te promjene mogu dovesti do gubitka staništa, poremećaja distribucije vrsta i sveukupne destabilizacije ekosustava.
Krhkost estuarija proizlazi iz kombinacije njihovih kritičnih ekoloških funkcija, osjetljivosti na onečišćenje i promjenu staništa, ranjivosti njihovih stanovnika i izazova koje postavljaju klimatske promjene. Za zaštitu ovih neprocjenjivih ekosustava, sveobuhvatne strategije upravljanja, napori za očuvanje i održive prakse od najveće su važnosti.