- Visoka početna ulaganja: Postavljanje hidroponskog sustava može biti skupo zbog opreme i materijala. Troškovi medija za uzgoj, hranjivih tvari i rasvjete također se mogu s vremenom povećati.
- Tehničko znanje i stručnost: Hidroponski sustavi zahtijevaju određenu razinu tehničkog znanja i stručnosti za rad i održavanje. Uzgajivači moraju razumjeti ishranu biljaka, kvalitetu vode, rasvjetu i druge čimbenike okoliša kako bi uspjeli s hidroponikom.
- Stalni nadzor i održavanje: Hidroponski sustavi trebaju stalno praćenje i održavanje kako bi se osigurali optimalni uvjeti za rast biljaka. To uključuje praćenje razine vode, pH, koncentracije hranjivih tvari i temperature, između ostalih parametara.
- Osjetljivost na nestanak struje: Hidroponski sustavi oslanjaju se na električnu energiju za napajanje svjetla, pumpi i druge opreme. Nestanci struje mogu poremetiti sustav i uzrokovati štetu ili gubitak usjeva ako se ne riješe odmah.
- Povećan rizik od bolesti: Hidroponski sustavi mogu stvoriti okruženje koje je pogodno za rast biljnih patogena zbog visoke koncentracije hranjivih tvari i neposredne blizine biljaka. Suzbijanje bolesti i štetnika u hidroponskom sustavu zahtijeva posebnu pozornost na sanitarne i preventivne mjere.
- Ograničena raznolikost usjeva: Neki hidroponski sustavi dizajnirani su za specifične usjeve ili vrste biljaka, što može ograničiti raznolikost usjeva koji se mogu uzgajati.
Sve u svemu, iako hidroponski sustavi nude nekoliko prednosti, oni također imaju svoje nedostatke i izazove koje je potrebno pažljivo razmotriti prije ulaganja u takav sustav i rada s njim.