Sredstva za čišćenje od algi mogu biti štetna za ribe i druge stanovnike akvarija, kao i za korisne bakterije koje žive u filteru. Ako alge postanu problem, najbolje je pokušati ih ukloniti smanjenjem količine svjetlosti koju akvarijum prima, povećanjem cirkulacije vode i/ili dodavanjem ribe ili beskralježnjaka koji se hrane algama.