Eriskay Poni su relativno mala pasmina, a zbog toga postoji veliki rizik od inbreedinga. Kad se srodni pojedinci uzgajaju, potomstvo može imati zdravstvene probleme i oslabiti imunološki sustav. To je zato što nasljeđuju iste genetske nedostatke i ranjivosti. Inbreeding također smanjuje genetsku raznolikost, što populaciju čini manje otpornom na promjene okoliša i bolesti.
2. Gubitak genetske raznolikosti
Eriskay poniji stoljećima su izolirani na otocima, što znači da je došlo do vrlo malo genetske razmjene s drugim stanovništvom ponija. Ovaj nedostatak genetske raznolikosti učinio ih je ranjivim na određene genetske poremećaje i bolesti.
3. Ograničeno stanište
Eriskay Poni su porijeklom iz udaljenog i oštrog okruženja vanjskih hebrida, koji su skupina otoka kraj obale Škotske. Njihovo ograničeno stanište znači da imaju ograničenu opskrbu hranom i izloženi su oštrim vremenskim uvjetima. Zbog toga je stanovnici teško uspješno preživjeti i reproducirati.
4. Konkurencija drugih vrsta
Eriskay Ponie suočavaju se s konkurencijom za resurse drugih vrsta, uključujući ovce i crvene jelene. Te životinje mogu nadoknaditi ponije za hranu i vodu, što može dovesti do pothranjenosti i bolesti.
5. Lov i prekomjerno paljenje
U prošlosti su Eriskay poniji lovili svoje meso i pelete. To je bio glavni faktor njihovog pada. Uz to, prekomjerna stvar od ovce i drugih životinja također je pridonijela njihovom gubitku staništa.
6. Klimatske promjene
Klimatske promjene još je jedna velika prijetnja Eriskay Poniesu. Kako se klima zagrijava, otoci doživljavaju ekstremnije vremenske uvjete, poput oluja i poplava. Ovi događaji mogu uzrokovati gubitak staništa i otežati preživljavanje ponija.