Bolest: Crnonogi tvor je osjetljiv na nekoliko bolesti, uključujući šumsku kugu, pseću kugu i tularemiju. Ove se bolesti mogu brzo širiti kroz kolonije prerijskih pasa, desetkujući populaciju crnonogih tvorova.
Parenje u srodstvu: Crnonogi tvor ima malu populaciju, što ga čini osjetljivijim na učinke parenja u srodstvu. Parenje u srodstvu može dovesti do gubitka genetske raznolikosti, što može učiniti populaciju ranjivijom na bolesti i druge prijetnje.
Predatorstvo: Crnonogi tvorovi su plijen raznih grabežljivaca, uključujući kojote, jastrebove i sove. Kako se populacija crnonogog tvora smanjila, tako se smanjio i broj grabežljivaca koji se oslanjaju na njih kao hranu. To može dovesti do povećanja populacije predatora, što može dodatno ugroziti crnonoge tvorove.
Klimatske promjene: Predviđa se da će klimatske promjene imati značajan utjecaj na crnonogog tvora i njegovo stanište. Kako se klima zagrijava, očekuje se da će kolonije prerijskih pasa opadati, što će smanjiti količinu skloništa, hrane i mjesta za razmnožavanje dostupnih crnonogim tvorovima.