* Slatka voda: Jezera, potoci, ribnjaci, pa čak i lokvice, uobičajene su kuće za zooflagelate.
* slana voda: Oni također naseljavaju morsko okruženje poput oceana i mora.
* tlo: Zoflagelati se mogu naći i u vlažnom tlu.
* Ostali organizmi: Neki zoflagelati žive kao paraziti unutar tijela drugih organizama, poput životinja i biljaka.
Dakle, vrlo je vjerojatno da će pronaći zooflagelate koji žive u jezerima i potocima!