* Koža: Koža je dom raznim mikroorganizmima, uključujući bakterije, gljivice i viruse. Ovi mikrobi pomažu u zaštiti kože od infekcija i oštećenja, a također igraju ulogu u regulaciji temperature i razine vlažnosti kože.
* Respiratorni trakt: Dišni putevi obloženi su sluzi koja hvata mikroorganizme i sprječava njihov ulazak u pluća. Međutim, neki mikroorganizmi ipak mogu proći kroz sluz i izazvati infekcije, poput upale pluća i bronhitisa.
* Probavni trakt: Probavni trakt je dom velikom broju mikroorganizama, uključujući bakterije, gljivice i protozoe. Ovi mikrobi pomažu probaviti hranu, apsorbirati hranjive tvari i proizvoditi vitamine. Oni također igraju ulogu u zaštiti probavnog trakta od infekcija.
* Urogenitalni trakt: Urogenitalni trakt dom je raznih mikroorganizama, uključujući bakterije, gljivice i viruse. Ovi mikrobi mogu uzrokovati infekcije, kao što su infekcije mokraćnog sustava i spolno prenosive bolesti.
* Krv: Krv je inače sterilna, ali se može zaraziti mikroorganizmima ako dođe do pukotine na koži ili ako se provodi medicinski zahvat.
Kod goveda:
* Rumen: Burag je veliki organ nalik vrećici u želucu krave. Dom je velike populacije mikroorganizama, uključujući bakterije, gljivice i protozoe. Ovi mikrobi pomažu razgraditi biljni materijal i pretvoriti ga u hranjive tvari koje krava može apsorbirati.
* Retikulum: Retikulum je mali organ nalik na saće koji se nalazi uz burag. Također sadrži veliku populaciju mikroorganizama koji pomažu u razgradnji biljnog materijala.
* Omasum: Omasum je treći odjeljak želuca koji je odgovoran za apsorpciju vode i hranjivih tvari iz probave. Također sadrži populaciju mikroorganizama, ali ne toliko koliko burag i retikulum.
* Abomasum: Sirište je pravi želudac krave. Luči probavne enzime koji razgrađuju bjelančevine i masti. Ne sadrži mnogo mikroorganizama.
* Crijeva: Crijeva su odgovorna za apsorpciju hranjivih tvari iz probave. Oni također sadrže populaciju mikroorganizama koji pomažu u razgradnji hranjivih tvari i proizvodnji vitamina.
* Izmet: Izmet je otpadni produkt probave. Sadrže velik broj mikroorganizama, uključujući bakterije, gljivice i protozoe.