Pantanal je dom raznim vrstama ptica, uključujući:
* Zumbul ara
* Grimizna ara
* Velika čaplja
* Jabiru roda
* Ružičasta žličarka
* Zelenokrila ara
* Toco tucan
* Brazilski rog
* Češljasta patka
Sisavci
Mnogi različiti sisavci mogu se naći u Pantanalu, kao što su:
* Divovski armadilo
* Grivasti vuk
* Chacoan pekari
* Pampaski jelen
* Jaguar
* Ocelot
* Sjeverna tigrasta mačka
* Močvarni jelen
* Kapibara
Gmazovi i vodozemci
Razni gmazovi i vodozemci također nastanjuju Pantanal, uključujući:
* Zelena anakonda
* Crni kajman
* Yacare kajman
* Kajman s naočalama
* Brazilska divovska kornjača
* Crvenonoga kornjača
* Obična kornjača
* Zlatna otrovna žaba
* Crvenooka žaba
Riba
Pantanal je dom za više od 260 vrsta riba, uključujući:
* Crvenotrbuša pirana
* Crna pirana
* Payara
* Arapaima
* Tambaqui
* Pacu
* Som
* Characins
* Ciklidi