- tijelo: Kompaktan, s mekim, fleksibilnim krznom. Šišmiši su jedini sisavci koji su sposobni za održivi let. Njihova su tijela dizajnirana za učinkovitu aerodinamiku, s dugim, uskim krilima pričvršćenim na prednje noge.
- krila: Tanke, osjetljive membrane kože podržane izduženim kostima prsta. Krilna membrana proteže se između prednjih i tijela, a također između stražnjih i repa.
- prednje krađe: Izduženi, s dugim prstima koji podržavaju krilnu membranu. Palac je kratak i kandža, koristi se za penjanje i sjedbu.
- Hindlimbs: Kraće od prednjih nogu, s pet nožnih prstiju. Stopala su prilagođena za korijenje i visenje naopako.
- rep: Varira u duljini i obliku, ali je obično dugačka i fleksibilna. Neki šišmiši imaju repnu membranu ili uropatagium, što pomaže u stabilizaciji tijela tijekom leta.
- glava: Zaobljeni, velikim očima okrenutim prema naprijed. Šišmiši također imaju izvrsno sluh, s velikim ušima u obliku lijevka koje pomažu u snimanju zvukova.
- uši: Veliki i u obliku lijevka, često s tragom (malim preklopom kože) u blizini otvaranja uha. Uši su prekrivene finim dlačicama, koje pomažu zvukovima u uho.
- Zubi: Oštri, šiljasti zubi koji su prilagođeni za hvatanje i jedenje insekata. Šišmiši također imaju specijaliziranu stomatološku adaptaciju nazvanu zubni češalj, koji se koristi za dotjerivanje krzna.
- krzno: Meka, gusta i obično smeđe ili crne boje. Neke vrste šišmiša imaju karakteristične krznene oznake, poput pruga ili mjesta.
- veličina: Šišmiši se uvelike razlikuju u veličini, od sitnih vrsta poput palice Bumblebee (koji teži samo nekoliko grama) do velikih vrsta poput leteće lisice (koje mogu težiti više od 1 kilograma).