Od želuca se chime kreće u tanko crijevo, što je najduži i najsloženiji dio probavnog sustava. Ovdje se većina apsorpcije hranjivih tvari odvija jer je chime pomiješana s probavnim enzimima koje proizvode gušterače, poput amilaze, lipaze i proteaze i žuči koje proizvodi jetra. Ovi enzimi razgrađuju složene ugljikohidrate, masti i proteine u jednostavne šećere, masne kiseline i aminokiseline. Zidovi tankog crijeva sadrže sitne projekcije poput vila koje povećavaju površinu za apsorpciju hranjivih tvari.
Neprobačeni materijal ostavljen nakon apsorpcije hranjivih tvari kreće se u debelo crijevo, koji se sastoji od debelog crijeva i rektuma. Debelo crijevo apsorbira vodu i elektrolite, pretvarajući preostali kim u čvrsti otpad. Rektum pohranjuje čvrsti otpad dok se ne može eliminirati iz tijela kroz anus tijekom procesa defekacije.