Ako su transgene domaće životinje ikada naišle na divlje populacije, mogu imati izuzetno neugodne učinke na prirodni ekosustav. Jedan primjer toga mogao bi biti križanje, gdje genetski materijal transgenih životinja ulazi u divlje populacije. To može promijeniti genski skup divlje populacije i na kraju dovesti do negativnih utjecaja na njihovu kondiciju i prilagodljivost. Transgene životinje mogu također nositi patogene ili štetne tvari koje mogu utjecati na divlje životinje kada dođu u kontakt.