* visoki troškovi: Programi uzgoja u zatočeništvu mogu biti skupe za postavljanje i održavanje. To uključuje troškove sadržaja, opreme, osoblja i hrane.
* Nedostatak genetske raznolikosti: Programi uzgoja u zatočeništvu mogu dovesti do nedostatka genetske raznolikosti, što populaciju može učiniti ranjivijom na bolesti i druge prijetnje.
* Povećani rizik od bolesti: Zarobljene životinje često su osjetljivije na bolest nego divlje životinje, jer nisu izložene istim prirodnim izazovima.
* Neprirodno ponašanje: Zarobljene životinje mogu pokazati neprirodno ponašanje, jer nisu u stanju živjeti u svom prirodnom okruženju. To može dovesti do stresa i drugih zdravstvenih problema.
* Etičke brige: Neki vjeruju da su programi uzgoja u zatočeništvu neetični, jer uključuju uzimanje životinja iz svog prirodnog staništa i zadržavanje u zatočeništvu.
Sve u svemu, programi uzgoja u zatočeništvu mogu biti koristan alat za očuvanje ugroženih vrsta, ali oni imaju i brojne nedostatke. Važno je pažljivo odmjeriti prednosti i nedostatke prije nego što odlučite hoće li započeti program uzgoja u zatočeništvu ili ne.