1. Genetičko podrijetlo:
Klonirana životinja genetski je identična stanici donorki koja daje njezinu jezgru. To znači da klonirana životinja nosi iste genetske informacije kao izvorni donor. Nasuprot tome, spolno proizvedene životinje nasljeđuju genetski materijal od oba roditelja putem spajanja spolnih stanica (jajne stanice i spermija), što dovodi do genetske raznolikosti i miješanja osobina.
2. Mitohondrijska DNA (mtDNA):
Tijekom SCNT-a obično se koristi citoplazma jajne stanice primatelja, uključujući mitohondrije. To rezultira time da klonirana životinja ima mitohondrijsku DNK donora jajne stanice, a ne donora jezgre somatske stanice. Međutim, u nekim su slučajevima razvijene metode za očuvanje mitohondrijske DNA somatske stanice, što znači da klonirana životinja može imati mtDNA i od donora jajne stanice i od donora jezgre somatske stanice. S druge strane, spolno razmnožene životinje nasljeđuju mtDNA isključivo od majke, budući da se nalazi samo u jajetu.
3. Epigenetske izmjene:
Epigenetske modifikacije su kemijske promjene DNK koje utječu na ekspresiju gena bez mijenjanja same DNK sekvence. SCNT može dovesti do promjena u epigenetskim obrascima kada se jezgra somatske stanice reprogramira da se ponaša kao embrionalna jezgra. To može rezultirati razlikama u ekspresiji gena i, potencijalno, fenotipskim varijacijama između kloniranih životinja i njihovih genetskih kopija proizvedenih spolnom reprodukcijom. Na epigenetske modifikacije također mogu utjecati čimbenici kao što su starost i vrsta stanice donora, kao i okolina primatelja jajne stanice.
4. Razvojne abnormalnosti:
U nekim slučajevima, klonirane životinje mogu imati razvojne abnormalnosti ili zdravstvene probleme zbog izazova reprogramiranja ili poremećaja tijekom procesa kloniranja. Ove abnormalnosti mogu varirati od manjih fizičkih nedostataka do velikih zdravstvenih komplikacija, uključujući povećanu osjetljivost na određene bolesti ili smanjenu plodnost.
Važno je napomenuti da tehnologija i tehnike koje se koriste u kloniranju neprestano napreduju, a istraživači nastavljaju optimizirati proces kako bi te razlike sveli na minimum i osigurali dobrobit i zdravlje kloniranih životinja.