Međutim, u područjima gdje su resursi oskudni ili se njihovi teritoriji preklapaju, mogu se pojaviti sukobi između dvije vrste. Konkurencija za hranu, stanište i lovačke terene može dovesti do sukoba i borbi.
Kad se vukovi susreću s kojotima, mogu ih aktivno potjerati i napasti kako bi uspostavili dominaciju ili zaštitili svoj teritorij. Vukovi ponekad mogu ubiti kojote kako bi smanjili konkurenciju. Takve su interakcije vjerojatnije kada je plijen ograničen ili tijekom sezone uzgoja kada obje vrste brane svoje teritorije.
S druge strane, kojoti su poznati po svojoj prilagodljivosti i snalažljivosti. U nekim slučajevima, kojoti mogu izbjeći izravne sukobe s vukovima i pribjeći uklanjanju ostataka plijena vuka. Oni bi također mogli prilagoditi svoje lovačko ponašanje i izbjegavati područja u kojima je prisutnost vuka visoka.
Općenito, interakcije između vukova i kojota su dinamične i mogu se kretati od konkurencije i sukoba do suživota i povremene suradnje u rijetkim slučajevima.