Kongore su Europljani prvi put susreli u 16. stoljeću. 1562. španjolski istraživač Juan Pardo posjetio je njihovo selo, za koje je opisao da se nalazi na visokoj litici s pogledom na rijeku. Kongori su bili prijateljski raspoloženi prema španjolskom jeziku i dali su im hranu i zalihe.
Početkom 17. stoljeća Kongore su napali Irokezi, koji su nastojali proširiti svoj teritorij. Kongori su bili prisiljeni napustiti svoje selo i kretati se dalje prema jugu. Godine 1670. nastanili su se na rijeci Santee, gdje su živjeli sljedećih 50 godina.
Godine 1715. Kongore su opet napali Irokezi, koji su bili saveznici s Britancima. Kongori su poraženi i njihovo selo je uništeno. Preživjeli su pobjegli u Waxhaws, koji su bili podskupina Catawba koja je živjela u Sjevernoj Karolini.
Kongori su se na kraju asimilirali u pleme Catawba, a njihov jezik i kultura su izgubljeni. Međutim, njihovo se ime još uvijek sjeća u imena nekoliko mjesta u Južnoj Karolini, uključujući Nacionalni park Congaree i rijeku Congaree.