Postoje dvije glavne vrste bioloških mikroskopa:složeni mikroskopi i mikroskopi za seciranje. Složeni mikroskopi koriste dvije leće, leću objektiva i leću okulara, za povećanje slike predmeta. Leća objektiva nalazi se na dnu mikroskopa i fokusira svjetlost na uzorak. Leća okulara nalazi se na vrhu mikroskopa i povećava sliku koju proizvodi leća objektiva. Mikroskopi za seciranje imaju samo jednu leću, leću objektiva, i koriste se za promatranje većih uzoraka koji ne zahtijevaju toliko povećanje.
Biološki mikroskopi mogu biti opremljeni različitim dodacima, kao što su izvori svjetlosti, filtri i stupići. Izvori svjetlosti osiguravaju osvjetljenje uzorka. Filtri se mogu koristiti za promjenu boje ili intenziteta svjetla. Stupići se koriste za držanje uzorka na mjestu.
Biološki mikroskopi osnovni su alati za proučavanje mikroskopskog svijeta. Omogućuju istraživačima detaljno promatranje i analizu stanica, tkiva i mikroorganizama.