1. Smanjena genetska raznolikost: Selektivni uzgoj može dovesti do smanjenja genetske raznolikosti unutar populacije. Ograničavanje skupine za parenje odabirom samo određenih jedinki može smanjiti varijabilnost gena u populaciji, što je može učiniti osjetljivijom na bolesti, promjene okoliša ili druge izazove.
2. Parenje u srodstvu i zdravstveni problemi: Blisko povezani pojedinci mogu imati povećan rizik od razvoja genetskih poremećaja i zdravstvenih problema zbog inbreedinga. Parenje u srodstvu može biti rezultat selektivnog uzgoja, gdje se jedinke sa željenim osobinama opetovano pare jedna s drugom.
3. Gubitak drugih osobina: Fokusiranje na selekciju prema specifičnim svojstvima može dovesti do gubitka drugih vrijednih karakteristika u populaciji. Na primjer, tijekom selektivnog uzgoja za povećanje proizvodnje mlijeka kod krava, druge osobine poput otpornosti na bolesti ili kvalitete mesa mogu se zanemariti i potencijalno umanjiti.
4. Etička pitanja: Selektivni uzgoj izaziva etičke probleme, posebno u slučajevima kada su uključene životinje. Kritičari tvrde da bi to moglo uključivati postupke poput odstrela, umjetne oplodnje i genetskih modifikacija koje bi mogle ugroziti dobrobit i dobrobit životinja.
5. Ograničena prilagodba: Selektivni uzgoj može dovesti do životinja ili biljaka koje su prikladne za određene okoliše ili svrhe, ali im može nedostajati prilagodljivost da napreduju u promjenjivim uvjetima ili različitim okolišima.
6. Gubitak tradicionalnog znanja i bioraznolikosti: U slučaju tradicionalnog uzgoja ili autohtonih praksi, napori selektivnog uzgoja velikih industrija mogu potkopati lokalno znanje, raznolike sorte usjeva i očuvanje tradicionalnih pasmina i ekosustava.
7. Ekonomski troškovi: Selektivni uzgoj često uključuje značajna ulaganja, kao što su infrastruktura, tehnologija, kvalificirani stručnjaci i programi uzgoja, što može biti skupo i zahtijevati mnogo resursa.
Važno je napomenuti da specifični troškovi i nedostaci selektivnog uzgoja mogu varirati ovisno o organizmima koji se uzgajaju, opsegu napora uzgoja i razini etičkih razmatranja i korištene znanstvene ekspertize.