Iako se specifični geni odgovorni za heterokromiju nisu u potpunosti shvaćeni, smatra se da su povezani s raspodjelom melanina , pigment odgovoran za boju očiju, tijekom razvoja fetusa.
Važno je napomenuti da je heterokromija normalna varijacija a ne zdravstvenu zabrinutost. To ne utječe na viziju mačke ili opće zdravlje.