1. Probavni otpad: Nakon što kornjače progutaju i probave hranu, neprobavljeni materijal nakuplja se u njihovim crijevima.
2. Stvaranje izmeta: Crijeva apsorbiraju vodu i hranjive tvari iz hrane, skrućujući preostali otpad u izmet.
3. Skladištenje u rektumu: Nastali izmet privremeno se pohranjuje u rektumu, koji je završni dio debelog crijeva.
4. Izlučivanje: Kada se rektum napuni ili u pravilnim intervalima, kornjača izbacuje izmet kroz kloaku.
5. Izlučivanje urina: Osim izmetom, kornjače kloakom izlučuju dušične otpadne tvari, prvenstveno u obliku mokraćne kiseline. Bubrezi filtriraju otpad iz krvotoka, a ureteri prenose urin u kloaku na eliminaciju.
6. Skladištenje mjehura (neke kornjače): Neke vrste kornjača imaju mokraćni mjehur koji pohranjuje urin prije nego što se izbaci kroz kloaku.
Vrijedno je napomenuti da učestalost izlučivanja može varirati među vrstama kornjača i na nju mogu utjecati čimbenici kao što su prehrana, uvjeti okoliša i zdravlje pojedinca.