1. Slatka voda: Obično se nalaze u slatkovodnim staništima kao što su jezera, ribnjaci i rijeke. Oni mogu napredovati i u vodenim i tekućim vodenim tijelima.
2. Morska okruženja: Neki Chaonoflagelati nalaze se u morskim okruženjima, uključujući obalne vode i otvorene oceane. Mogu se naći na raznim dubinama, od plitkih obalnih područja do dubokih oceanskih voda.
3. Tlo: Neke vrste Chaonoflagelata mogu se naći u vlažnim tlima i zemaljskim okruženjima. Oni mogu nastaniti pore tla i mikrohabitata bogate organskim tvarima i vlagom.
4. Symbiotički odnosi: Određeni Chaonoflagelati tvore simbiotske odnose s drugim organizmima. Na primjer, neke vrste žive u suradnji s morskim beskralješnjacima poput spužva ili korala, gdje doprinose domaćinu i obrani domaćina.
5. Ekstremno okruženje: Neki su Chaonoflagelati prilagodili preživljavanju u ekstremnim okruženjima, poput vrućih opruga, kiselih voda ili okruženja s visokim koncentracijama soli. Oni pokazuju jedinstvene adaptacije koje im omogućuju da napreduju u ovim izazovnim uvjetima.
Specifična sklonost staništa određene vrste Chaonoflagellate ovisi o njegovim fiziološkim prilagodbama i ekološkim zahtjevima. Ovi organizmi zauzimaju različita staništa, u rasponu od slatkovodnih ekosustava do morskog okruženja, pa čak i zemaljskih okruženja.