- Alpski vunasti štakor zauzima specifičan tip staništa, a to su alpske i subalpske šume. Ova staništa ubrzano nestaju zbog različitih čimbenika kao što su krčenje šuma i klimatske promjene.
Uvođenje alohtonih predatora
- Uvođenje alohtonih grabežljivaca poput divljih mačaka, pasa i lasica izvršilo je ogroman pritisak na populaciju.
Bolest
- Štakori su vrlo osjetljivi na bolesti, a unošenje novih bolesti može se brzo proširiti kroz populaciju, što dovodi do smanjenja populacije.
Lov
- Alpski vunasti štakor se lovi zbog krzna i mesa, što dodatno smanjuje brojnost njegove populacije.