- Gubitak staništa :Primarno stanište malog kunića su stepe s grmljavinom i šume smreke, koje se brzo pretvaraju u poljoprivredne i stambene objekte. Ovaj gubitak staništa fragmentirao je populaciju malog kunića, čineći ga osjetljivijim na grabežljivce i bolesti.
- Predatorstvo :Male zečeve love razni grabežljivci, uključujući kojote, lisice, jazavce i ptice grabljivice. Kako je stanište malog zeca fragmentirano, grabežljivcima postaje lakše pristupiti mu i ubiti ga.
- Natjecanje :Mali kunići natječu se s drugim malim sisavcima, poput štuka i voluharica, za hranu i sklonište. Ovo natjecanje može ograničiti sposobnost malog zeca da preživi i razmnoži se.
- Bolest :Mali kunići osjetljivi su na razne bolesti, uključujući tularemiju, kugu i kokcidiozu. Ove se bolesti mogu brzo proširiti kroz populaciju, uzrokujući raširenu smrtnost.
- Klimatske promjene :Klimatske promjene također predstavljaju prijetnju malom kuniću. Predviđa se da će stepe s grmljavinom i šume smreke iskusiti povišene temperature i smanjenje padalina, što će malom zecu otežati preživljavanje.
Zbog ovih prijetnji, pigmejski kunić se smatra jednim od najugroženijih sisavaca u Sjevernoj Americi. U tijeku su napori za zaštitu malog zeca i njegovog staništa, uključujući obnovu staništa, kontrolu predatora i upravljanje bolestima.