Lov: Zec iz Lower Keysa nekoć je bio lovljen radi hrane i krzna, a iako je sada službeno zaštićen, još uvijek se događa ilegalni lov.
Bolest: Kunić Lower Keys osjetljiv je na razne bolesti, uključujući tularemiju, bakterijsku bolest koja može biti kobna za kuniće. Tularemiju šire krpelji, a stanište kunića u Lower Keysu dom je mnogih krpelja.
Predatorstvo: Lower Keys zeca lovi razne životinje, uključujući zmije, sove i jastrebove. Uvođenje stranih grabežljivaca, kao što su mačke, također je pridonijelo smanjenju zečeva iz plemena Lower Keys.
Klimatske promjene: Klimatske promjene također su velika prijetnja zečevima iz Lower Keysa. Rastuća razina mora preplavljuje stanište kunića, a ekstremnije vremenske prilike, poput uragana, uništavaju njegovu hranu i sklonište.