Razlaganje :Nakon što organizam umre, njegovo tijelo prolazi kroz brzu razgradnju mikroorganizama kao što su bakterije i gljivice. Taj proces razgrađuje organsku tvar, ostavljajući male šanse da se cijeli organizam očuva.
Tafonomija :Tafonomija se odnosi na procese koji utječu na organizam nakon što umre i postane fosil. Ti procesi uključuju čišćenje, transport vodom ili vjetrom i izlaganje elementima poput sunčeve svjetlosti i kiše. Ovi čimbenici mogu raspršiti ili oštetiti ostatke organizma, čineći malo vjerojatnim da će se cijelo tijelo sačuvati zajedno.
Uvjeti čuvanja :Za očuvanje fosila potrebni su određeni uvjeti, uključujući brzo ukopavanje kako bi se spriječilo raspadanje, pravu vrstu sedimenta za zaštitu ostataka i odsutnost destruktivnih geoloških procesa poput erozije. Ti se uvjeti rijetko pojavljuju zajedno, što otežava očuvanje cijelih organizama.
Vrijeme i geološki procesi :Velika većina fosila koji se formiraju na kraju se uništi ili promijeni tijekom geološkog vremena. Zemljini dinamički procesi, poput izgradnje planina, vulkanske aktivnosti i erozije, mogu deformirati, slomiti ili erodirati stijene koje sadrže fosile, dodatno smanjujući šanse za pronalazak potpunih fosila.
Rijetkost :U nekim slučajevima izvorna populacija vrste mogla je biti mala i lokalizirana ili su samo određene jedinke živjele u okolišu pogodnom za fosilizaciju. Zbog ove rijetkosti može biti teško pronaći više primjeraka, a kamoli cijelih organizama.
Kao rezultat ovih čimbenika, većina fosila su fragmentarni, predstavljaju samo dijelove organizama, kao što su kosti, zubi, školjke ili lišće. Rijetka pojava cijelih životinjskih i biljnih fosila čini ih iznimno vrijednima za paleontološka istraživanja i razumijevanje drevnih ekosustava.