* Protozoa :Protozoji su raznolika skupina jednoceličnih organizama koji se nalaze u svim vrstama staništa, uključujući tlo, vodu, pa čak i ljudsko tijelo. Hrani se drugim mikroorganizmima i igraju važnu ulogu u prehrambenom lancu. Neki uobičajeni primjeri mikroskopskih protozoa uključuju amebas, parameciju i euglenu.
* Bakterije :Bakterije su jednocelični mikroorganizmi koji se nalaze u gotovo svakom okruženju na zemlji. Dolaze u širokom rasponu oblika i veličina, a igraju ključnu ulogu u raspadanju organske tvari, fiksaciji dušika i proizvodnji kisika. Neki uobičajeni primjeri mikroskopskih bakterija uključuju E. coli, bacillus subtilis i staphylococcus aureus.
* Gljivice :Gljivice uključuju kvasac, plijesni i mesnate gljive. Neke mikroskopske gljive uključuju Aspergillus, Penicillium i Candida.
* Mikroinvertebri :Mikroinvertebri su mikroskopske životinje koje uključuju rotifere, nematode i tardigrade.
* Plankton :Plankton je raznolika skupina mikroskopskih organizama koji žive u vodi. Neki primjeri planktona uključuju dijatome, dinoflagelate i kopepode.