Nedostatak modernog viđenja :Unatoč tome što je jedno od najvećih i najprivlačnijih morskih stvorenja koja ikada postoje, nije bilo vjerodostojnih modernih viđenja megalodona. To sugerira da je vrsta doista izumrla, jer bi njegova veličina i obilje vjerojatno otežalo propuštanje u modernom oceanu.
Paleoceanografske promjene :Prijelaz s pliocena u pleistocenske epohe obilježen je značajnim promjenama u okolišu, uključujući hlađenje globalnih temperatura, fluktuacije razine mora i promjene u cirkulaciji oceana. Te bi promjene mogle utjecati na dostupnost izvora hrane ili njihovih staništa, što je u konačnici dovelo do izumiranja megalodona.
Natjecanje drugih grabežljivaca :Megalodoni su bili vrhovni grabežljivci, ali vjerojatno su se suočili s konkurencijom drugih morskih grabežljivaca, poput Velikog bijelog morskog psa (Carchacharodon Carcharias) i sada već izumrlih Livyatan Melvillei, divovskog kita sperme. Konkurencija za resurse i stanište moglo bi pridonijeti padu populacije megalodona.