1. Crijeva: Salmonela se prvenstveno kolonizira i razmnožava unutar gastrointestinalnog trakta, posebno u crijevima. Bakterije se mogu brzo razmnožavati u tankom crijevu, uzrokujući upalu i povezane simptome kao što su proljev, bolovi u trbuhu, groznica i mučnina.
2. Mezenterični limfni čvorovi: Kao dio tjelesnog imunološkog odgovora, salmonela može napasti mezenterične limfne čvorove koji se nalaze u blizini crijeva. Unutar ovih limfnih čvorova bakterije se mogu razmnožavati i uzrokovati upalu.
3. Jetra i slezena: U teškim slučajevima, osobito kod invazivne netifusne salmonele (iNTS), bakterija se može proširiti kroz krvotok i doći do jetre i slezene. Ovdje se salmonela može razmnožavati unutar tkiva i Kupfferovih stanica jetre i makrofaga slezene.
4. Žučni mjehur: Kod pojedinaca s osnovnim stanjima kao što su žučni kamenci ili žučne abnormalnosti, salmonela može kolonizirati žučni mjehur i razmnožavati se u žuči. To može dovesti do upale žučnog mjehura (kolecistitisa).
5. Druga mjesta: U rijetkim slučajevima može doći do diseminirane bolesti, što omogućuje širenje salmonele na druge organe i tkiva izvan gastrointestinalnog trakta, poput krvotoka (bakterijemija), kostiju, zglobova, moždanih ovojnica i srčanih zalistaka. Razmnožavanje se tada može dogoditi unutar tih zaraženih mjesta.