Pingvini s Galapagosa endemični su za otočje Galápagos, što ih čini zemljopisno izoliranima od drugih vrsta pingvina i njihov opstanak ovisi o jedinstvenom ekosustavu arhipelaga. Njihova populacija je relativno mala, procjenjuje se da ih je ostalo oko 1200-2000. Ova ograničena veličina populacije čini ih osjetljivijima na razne prijetnje i promjene okoliša.
2. Gubitak i degradacija staništa
Otoci Galápagos popularna su ekoturistička destinacija, a sve veća prisutnost ljudi dovela je do gubitka i degradacije staništa. Izgradnja turističkih objekata, unošenje invazivnih vrsta, povećano onečišćenje i uznemiravanje ljudskim aktivnostima negativno su utjecali na gnjezdilišta i hranilišta pingvina.
3. Klimatske promjene
Otoci Galápagos vrlo su osjetljivi na klimatske promjene, doživljavaju porast razine mora, promjene u oceanskim strujama i povećanu učestalost i intenzitet ekstremnih vremenskih događaja. Ove promjene narušavaju osjetljivu ravnotežu morskog ekosustava, utječući na dostupnost izvora hrane, poput ribe i krila, o kojima pingvini ovise. Sve veće temperature oceana također mogu izravno izazvati stres kod pingvina i utjecati na njihov reproduktivni uspjeh.
4. Prekomjerni ribolov i natjecanje
Prekomjerni izlov male plave ribe, koja je primarni plijen galapaških pingvina, smanjuje im dostupnu hranu. Osim toga, natjecanje za izvore hrane s drugim morskim grabežljivcima, kao što su morski lavovi i veće vrste riba, može dodatno ograničiti pristup pingvinima hrani.
5. Bolesti i paraziti
Pingvini s Galapagosa osjetljivi su na razne bolesti i parazite, uključujući ptičje boginje, ptičju malariju i crijevne parazite. Ove se bolesti mogu brzo proširiti unutar populacije pingvina, uzrokujući visoke stope smrtnosti, posebno među pilićima i mladima.
6. Predatorstvo
Uvođenje stranih predatora, poput mačaka, štakora i pasa, na otočje Galápagos predstavljalo je značajnu prijetnju pingvinima. Ovi grabežljivci love pingvinska jaja, piliće, pa čak i odrasle pingvine, što pridonosi padu njihove populacije.