Sukob Noćnog Ivana usredotočen je na opresivnu društvenu i rasnu dinamiku u jugu Jim Crow Era, gdje su se Afroamerikanci suočili s jakom diskriminacijom, segregacijom i ograničenim pristupom obrazovanju i prilikama. U romanu se ističe borbe porobljenih ljudi i duljine koje su išli kako bi stekli znanje i pismenost u svijetu koji ih je nastojao zadržati neznalicama.
Primarni sukob vrti se oko glavnog lika, Johna, koji potajno podučava druge porobljene ljude da čitaju i pišu noću, prkoseći zakonima koji su zabranili obrazovanje za Afroamerikance. Ovaj čin otpora protiv opresivnog sustava dovodi Johna i njegove studente u opasnost, jer bi svako otkriće moglo rezultirati teškom kaznom, uključujući premlaćivanje ili čak smrt.
Roman također istražuje unutarnje sukobe likova dok se kreću svojom željom za slobodom, jednakošću i samoizražavanjem usred sistemskog ugnjetavanja. Ivanovo vlastito putovanje obilježeno je transformacijom iz straha i sumnje u hrabrost i odlučnost jer postaje svjetionik nade za svoje kolege porobljene ljude.
Nadalje, sukob se proteže na bijeloj zajednici, koji su predstavljeni likovima poput vlasnika plantaže gospodin Waller, koji su odlučni održati status quo i provoditi svoju moć nad porobljenim stanovništvom. Otpor obrazovanju Afroamerikanaca smatra se sredstvom za održavanje kontrole i sprečavanje poremećaja postojećeg društvenog poretka.
U konačnici, Night John predstavlja snažan prikaz borbe za građanska prava, naglašavajući ljudsku želju za znanjem i otpornost ljudskog duha u lice ugnjetavanja.